Los órganos de Gobierno de FOES son la Asamblea General, el Comité Ejecutivo y la Presidencia.
Asamblea General: Es el órgano supremo de decisión de la Federación, y sus acuerdos, adoptados con arreglo a los Estatutos, son obligatorios para todos sus afiliados.
- Presidente: Santiago Aparicio Jiménez
- Vicepresidente: José María Izquierdo Antón
- Vicepresidente: Alberto Soto Orte
- Vicepresidente: Ángel Mayor Hernando
- Tesorero: Samuel Moreno Rioja
- Vocal: Javier Munilla Lenguas
- Vocal: José Luis Lázaro Alcántara
- Vocal: Jesús Rubio Las Heras
- Vocal: Inmaculada Ramos Liso
- Vocal: Luis J. Martínez Soria
- Vocal: Víctor Mateo Ruiz
- Directora General: Mª Ángeles Fernández Vicente
Presidente: Es el órgano personal de mayor rango de la Federación. Le corresponde la representación de la misma ante las Autoridades públicas y terceros, interviniendo en nombre de ésta en la realización de actos, contratos, ejercicio de acciones, otorgamiento de poderes y cualesquiera otros negocios jurídicos concretos. Debe también adoptar las decisiones pertinentes para la ejecución y cumplimiento de los objetivos de la Federación dentro de las directrices acordadas por la Asamblea General con la asistencia de los restantes Órganos de Gobierno. En los casos de ausencia, vacante o enfermedad, cualquiera de los Vicepresidentes sustituirá al Presidente con las mismas facultades y funciones que las del Presidente.